Heimdall - альтернатива open-source для Odin, а не для KIES.
Поскольку Ubuntu имеет поведение по умолчанию с некоторыми USB-устройствами, хорошо переписать это поведение, как описано здесь для разработчиков Android http://developer.android.com/guide/developing/device.html
помните, что udev гораздо важнее любого приложения, а мигание устройства - чрезвычайно рискованный материал.