Я не уверен, почему mencoder не работал для вас, но вы также можете сделать то же самое с ffmpeg. Вам просто нужно использовать два входа в ffmpeg.
ffmpeg -i track.mp3 -i out.mkv -vcodec copy -acodec libfaac -ab 192k final.mkv
Я не пробовал, но я не думаю, что вы можете сделать -acodec copy, тем более, что вы используете два разных кодека. Просто выберите то, что вы хотите на выходе, и добавьте его, очень быстро по сравнению с видео.
Я бы предложил использовать Ubuntu Tweak. У него есть настройки для того, что есть и что не отображается на рабочем столе, а также множество других отличных настроек. Вы можете найти его на ubuntu-tweak.com или просто найти его в Google.