rename 's/.*?\.([^.]+).*/$1.bam/' *.bam -vn
Удалите -vn, когда увидите, что он делает то, что вы хотите. Вот мой тестовый жгут:
$ touch 34234234kh.TESTING00{1..3}.234978623478y234.bam
$ rename 's/.*?\.([^.]+).*/$1.bam/' *.bam -vn
34234234kh.TESTING001.234978623478y234.bam renamed as TESTING001.bam
34234234kh.TESTING002.234978623478y234.bam renamed as TESTING002.bam
34234234kh.TESTING003.234978623478y234.bam renamed as TESTING003.bam