Пожалуйста, посмотрите в /etc/apache2/mods-enabled/php5.conf, он имеет этот комментарий:
# To re-enable php in user directories comment the following lines
# (from <IfModule ...> to </IfModule>.) Do NOT set it to On as it
# prevents .htaccess files from disabling it.
После того, как вы изменили файл, перезапустите Apache с service apache2 restart. [!d1 ]