После многих тестов я нашел решение своей проблемы:
Rhythmbox или Banshee для музыки gPodder для подкастовЭта конфигурация отлично работает с iPod Nano 5th generation
Подробности:
Rhythmbox или Banshee для музыки Rhythmbox синхронизирует каждый подкаст, но конвертирует видео подкасты в аудиоподкасты (очень длительный процесс синхронизации с высоким уровнем CPU использование) gPodder для подкастов