Это происходит потому, что они все одинаковы MIME-тип (application/xml).
Если вы хотите, чтобы файлы TaskCoach обрабатывались иначе, чем другие файлы XML, вам необходимо настроить новый тип MIME для них.
Я никогда не делал этого раньше, но похоже, что у Gnome есть довольно хорошая документация о том, как это сделать: добавьте настраиваемый тип MIME для всех пользователей / отдельных пользователей.