Использовать cron. Он позволяет планировать задачи. Выполнить crontab -e.
В файле добавить строки
# Автоматические обновления пакетов
0 0 * * 0 root (apt-get update && apt-get -y -d upgrade)
Он обновит систему каждое воскресенье утром в 12 часов. Вы можете отредактируйте номер в соответствии с вашими потребностями. Цифры здесь указывают минуты, часы, дни и т. Д. Техническая республика Cron descirption