У меня было то же самое. Вот что я делаю для решения:
Перейдите в меню System -> Preferences -> Keyboard Shortcuts. В категории Window Management выберите запись для Hide all normal windows and set focus to the desktop и нажмите клавишу Backspace, чтобы очистить запись Перезапустить сеанс vncserverАльтернативный вариант - использовать командную строку в сеансе. Вставьте в терминал следующее:
gconftool-2 -t str -s /apps/metacity/global_keybindings/show_desktop ""