TL; DR Первая строка должна быть комментарием
# ~/.profile: executed by the command interpreter for login shells.
Поэтому запустите
perl -i.bak -0777 -pe 's/^/# /' ~/.profile
Команда добавляет # в начало первой строки и создает файл резервной копии: ~/.profile.bak
Объяснение
-0777 изменяет разделитель строк на undef, позволяя нам slurp файл, подавая все линии на Perl за один раз. -p обрабатывает файл по строкам и печатает вывод. -e - это то, что позволяет нам указать код Perl, который мы хотим запустить прямо в командной строке.