Добавьте эти строки в Preferences -> Settings - User. Это работало для меня в Sublime Text 3.
{
"hot_exit": false,
"remember_open_files": false
}
Но когда мы открываем Sublime Text из тире / поиска, все проекты / папки из предыдущего сеанса удаляются. Вы получите новый пустой экземпляр Sublime Text.