Обычно я сначала удаляю нарушивший пакет и пытаюсь переустановить пакеты позже. Скорее всего, у вас есть другие репозитории, которые предоставляют одни и те же пакеты, что приводит к конфликту.
Если это не работает, и вы УВЕРЕНЫ, что это происходит из базовых репозиториев, вы можете заставить его (-force-yes). Однако это должно быть сделано только в том случае, если вы уверены, что необходимый вам пакет не будет нарушать целостность вашей системы.
Я считаю, что лучший способ решить эту проблему:
сделать резервную копию важных файлов на другом жестком диске раздела (или всего жесткого диска) с помощью ubuntu live cd и gparted.Некоторые люди жалуются на очень низкую скорость, когда они имеют это несоосность. Если у вас нет медленной скорости при чтении / записи в раздел, я предлагаю оставить его как есть и просто игнорировать предупреждение. То есть, пока вы не найдете возможность (другой жесткий диск и время) переформатировать диск.