В системе Linux (или любой Unix) пользователь root имеет максимальную силу для чего-либо. Невозможно ограничить возможности пользователей root просматривать, изменять и выполнять любые файлы или папки. Это более или менее точка пользователя root.
Если вы хотите защитить эту папку / файл, единственное, что я могу предложить, это зашифровать ее. Truecrypt - один из вариантов. Просто имейте в виду, что это не остановит файл для перемещения или удаления, если этого требует root.
Ubuntu с 8.10 также предлагает шифровать либо полный домашний каталог пользователя, либо личную папку. Для получения дополнительной информации см. Truecrypt