Если ваш файл содержит только символы, которые являются частью (7-разрядной) ASCII, нет способа рассказать разницу между UTF-8 и amp; ASCII, поэтому я не удивлен, что file скажет, что файл является ASCII.
Если вы хотите обслуживать эти файлы как UTF-8, вы должны сделать его явным в своем HTML, PHP-коде, или конфигурации сервера.