Вы уже все подкрепляете, но иногда здесь есть и сценарии, и вы забываете о них. Лично я сначала попробую маршрут обновления и посмотрю, все ли работает нормально. Если нет, то я бы пошел чистым маршрутом установки. Ubuntu 16.04 поставляется с новым ядром (4.4). Ядро Ubuntu 15.10 (4.2) будет заменено, и это, возможно, было в центре ваших проблем с USB.
Я считаю, что поддержка Ubuntu 15.10 закончилась 28 июля 2016 года. Вы должны обновить / очистить установку 16.04 ASAP даже если проблем с USB не существует.