Запуск GUI-инструментов, таких как nautilus, как root, считается опасным по этой причине, среди прочих (скрытые функции, возможность тихо запускать программные фрагменты от тех, кто знает, где, ...).
У вас нет проблемы с разрешением, у вас есть проблема с «собственностью».
Чтобы найти все файлы, принадлежащие root (действительно принадлежащие кому-либо еще) , do:
sudo find $HOME \! -user $USER
Чтобы изменить право собственности на вас, вы можете
sudo chown -R $(id -u):$(id -g) $HOME
, но это изменит право собственности на все файлы в и $HOME
sudo find $HOME \! -user $USER >/tmp/list-of-files
# edit the list of files, and delete file files you don't want to chown
nano /tmp/list-of-files
xargs sudo chown $(id -u):$(id -g) </tmp/list-of-files
Дает возможность настроить список файлов, принадлежащих вам, которые будут иметь право собственности на вас обратно.