Как проверить, используется ли конкретный репозиторий Ubuntu?

Здесь вы можете использовать команду find. Например,

find -type f -name ".*" -exec chmod 775 {} \;

Это найдет скрытые файлы и изменяет разрешения

Редактировать, чтобы включить комментарий от @gerrit:

Это приведет к ограничению поиска в текущем каталоге вместо поиска рекурсивно.