Если файл, который вы пытаетесь создать или отредактировать, не требует прав root, запустите это:
wine /home/jon/.wine/drive_c/Program\ Files/Notepad++/notepad++.exe
Если это вообще требует прав на root, установите блокнот ++ с учетной записью root после того, (например, выполнив sudo -s -H), выйдите из системы и запустите:
sudo wine /home/root/.wine/drive_c/Program\ Files/Notepad++/notepad++.exe
Но обычно, как уже указывалось, запуск приложений для вин как root не рекомендуется, так как приложения для винных приложений полагайтесь на вино, и исходный код винных приложений может быть или не быть пересмотрен, что означает, что при этом увеличивается количество рисков.