.run и .sh могут делать то, что им нравится в вашей системе, и нет никакого способа автоматического удаления для них. Вот почему вы всегда должны рекомендовать пользователям использовать .deb-файлы или, если они скомпилируются, используйте checkinstall для создания deb перед его установкой. Таким образом, его можно легко удалить впоследствии.
Для .run и .sh-installers вам просто нужно обратиться к руководству по программному обеспечению.