Я так запутался в полном шифровании диска. Помогите :(

Почему вы хотите использовать Samba для доступа к файлам на вашем Linux-сервере? Samba предназначен для доступа к общим сетевым ресурсам и сервисам Windows.

Вместо этого используйте sshfs, вам вообще не нужна настройка, и вы получаете «правильные» точки монтирования, которые распознаются любым приложением:

sudo apt-get install sshfs

Смонтируйте удаленную файловую систему с помощью

sshfs user@host:/path /local/mount/point

и размонтируйте с помощью

fusermount -u /local/mount/point