Перейдите в Ubuntu Software Center > Edit > Software Sources и из выпадающего меню Download From выберите Other, затем в следующем окне выберите Select Best Server и подождите, пока ubuntu не узнает лучший сервер для вас, а затем снова запустите apt-get update ...
Связанный вопрос: - Как изменить, какое зеркало я получаю от обновлений и программного обеспечения?
Похоже, у вас может быть неудачный жесткий диск. Я надеюсь, что у вас есть резервные копии данных!
Вам нужно вручную отформатировать диск, желательно с LiveCD, просто нажмите Ctrl + Alt + T на клавиатуре, чтобы открыть терминал. Когда он откроется, запустите следующие команды:
sudo fsck -fv /dev/sdaX
Убедитесь, что вы заменили X номером раздела.
Примечание: при использовании fsck или любых других утилита, которая имеет дело с разделом, убедитесь, что у вас есть актуальная резервная копия.
Примечание Проверяет файловые системы, даже если они отмечены как чистые.
-v Вызывает более подробные сообщения, которые будут отображаться во время проверки файловой системы (подробный режим).
Чтобы ответить на последний комментарий geezanansa, от возможности root-kit. Чтобы проверить возможный корневой набор, вы можете использовать rkhunter