На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Итак, я изначально установил ubuntu в флешка с вуби. Позже я удалил его с флешки и переустановил новую версию (все еще с wubi), но на этот раз на жесткий диск. Оба все еще появляются, когда я включаю свой компьютер, есть ли способ избавиться от первого (поскольку он больше не работает)?
Здесь вы можете найти ответы на все вопросы, связанные с wubi: Как удалить опцию загрузки Ubuntu, созданную Wubi?