Неужели система страдает от производительности из-за полного шифрования диска?

Поразите BIOS и отключите свои возможности Power. Cool N quiet / powernow и т. Д. Ищите возможности pcix powerstate. Потому что это звучит как проблема hotplug, которая, по крайней мере, устраняет это.