У меня Skype 4 установлена в качестве одной из моих программ запуска. Когда скайп запускается, он появляется в полноэкранном режиме. Я бы предпочел, чтобы он начинался с иконки в системном трее.
В разделе «Настройки» - «Общие» установите флажок «Запустить Skype в системном трее» Это должно заставить его минимизироваться. (По крайней мере, в гноме 3)