, что вам не хватает:
stop juju-jon-sample-file-storage
Это скажет upstart, чтобы остановить респаунирование службы. Затем вы можете безопасно удалить файл /etc/init/juju-jon-sample-file-storage.
Другой не воспламеняется, поэтому не должно быть проблем в ваших журналах или не будет виден в вашем списке процессов.
Надеюсь, это поможет.