У меня была такая же проблема и я не знал, как отлаживать. но я дезактивировал все расширения оболочки gnome, а затем работал отлично. Я знаю, что это не точный ответ на вопрос, но он может помочь другим людям с аналогичными проблемами (медленный вход в gnome 3 session)
вы можете дезактивировать один за другим, чтобы узнать, какое расширение создает проблему - или вы деактивируете все и активируете один за другим снова;)