Как запретить Synaptic Package Manager запрашивать пароль?

Включите его для всех пользователей, изменив значение по умолчанию в /usr/share/glib-2.0/schemas/org.gnome.settings-daemon.peripherals.gschema.xml:

Посмотрите на клавишу middle-button-emulation, которая выглядит так:

<key type="b" name="middle-button-enabled">
  <default>false</default>
  <summary>Middle button emulation</summary>
  <description>Enables middle mouse button emulation through simultaneous left and right button click.</description>
</key>

Измените значение по умолчанию на true:

<key type="b" name="middle-button-enabled">
  <default>true</default>
  <summary>Middle button emulation</summary>
  <description>Enables middle mouse button emulation through simultaneous left and right button click.</description>
</key>