На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Есть ли в Ubuntu программа на основе графического интерфейса пользователя, которая сравнивает два файла построчно и указывает, где две строки не совпадают? Если нет, то какое консольное приложение делает то же самое?
meld - мой любимый.
Консоль имеет команду для этого: diff {file1} {file2}