Как уже упоминалось, gnome-session автоматически обновляет процесс nautilus. Он также делает это для gnome-panel и gnome-wm (который, в свою очередь, запускает диспетчер окон, настроенный пользователем, обычно compiz или metacity).
Это поведение настраивается через desktop > gnome > session > required_components gconf.
Редактирование этих значений может быть полезно, если вы хотите, например, запустить панель GNOME и использовать только Docky или AWN.
Установка GD.
sudo apt-get install php5-gd && sudo service apache2 restart
Некоторая ошибка времени в вашей php-библиотеке. Поэтому попробуйте также обновить.