Не удалить папку, но файлы удалены

Чтобы сохранить структуру каталогов, но удалить только обычные файлы, запустите.
find /tmp/work -type f -delete

Для интерактивного удаления как каталогов, так и файлов.
rm /tmp/work/* -irv
Флаг 'i' заставит rm запрашивать разрешение для каждого удаления. Флаг 'r' скажет rm рекурсивно удалять файлы. Флаг 'v' заставляет rm сказать вам, что он делает.

# use brace expansion to create three levels of directories. The -p flag tells mkdir to create parent directories as needed.
mkdir -p /tmp/work/dir_{A..D}/dir_{a,b}
# tree will show the directory structure.
tree /tmp/work
/tmp/work
├── dir_A
│   ├── dir_a
│   └── dir_b
├── dir_B
│   ├── dir_a
│   └── dir_b
├── dir_C
│   ├── dir_a
│   └── dir_b
└── dir_D
    ├── dir_a
    └── dir_b
# For testing create empty files in each dir_a
touch /tmp/work/dir_{A..D}/dir_a/test.txt
# to Find what files will be deleted
find /tmp/work -type f
/tmp/work/dir_B/dir_a/test.txt
/tmp/work/dir_D/dir_a/test.txt
/tmp/work/dir_C/dir_a/test.txt
/tmp/work/dir_A/dir_a/test.txt  

# if the correct files were found now run the command but include the delete flag
find /tmp/work -type f -delete
# if however you would prefer to remove both files and the directories interactively. The 'i' flag will make rm ask for permission for each removal. The 'r' flag will tell rm to recursively remove files. The 'v' flag makes rm tell you what it is doing.
rm /tmp/work/* -irv