Есть хорошее резюме того, что источник, eval и exec делают здесь: http://www.unix.com/shell-programming-scripting/54347-bash-shell-exec-eval-source-looking-help-understand .html
Я думаю, что ваше использование eval и source'ing файла будет делать то же самое. Однако я не совсем уверен, что переменные внутри индекса будут вести себя одинаково в любом случае. Я бы рекомендовал использовать источник, если это возможно, потому что это более простой способ сделать и сделать ваш код более читаемым.
Сначала удалите /bin/g95 с помощью этой команды: sudo rm /bin/g95. Повторите попытку из (включительно):
sudo ln -s ~/g95-install/bin/i686-pc-linux-gnu-g95 /bin/g95