Я использую Cinnamon 2.0.13 (в Ubuntu 12.04.3 LTS).
Как добавить прозрачность в границы окна?
Откройте «Настройки Cinnamon» -> «Темы», есть вкладка «Другие настройки». Там вы можете выбрать стиль темы - прозрачный или нет.
надеюсь, что это помогает.