В Sublime Text есть лучшее решение. Выберите Preferences-> Settings - User и установите для remember_open_files и hot_exit значение false. Результирующий файл должен выглядеть так:
{
"remember_open_files": false,
"hot_exit": false
}
(Все возможные настройки можно увидеть в Settings - Default.)
Просто перезапустите Sublime Text впоследствии (может потребоваться перезагрузите программу два раза, один раз, чтобы применить настройки), и он должен запускаться без каких-либо открытых файлов.
Примечание: я только смог проверить это с помощью Sublime Text 3, но я уверен, что эти настройки существуют и в версии 2.