Где я должен поставить свои сценарии Upstart?

/etc/init для системные задания - те сервисы, которые запускаются независимые от любого зарегистрированного пользователя. Это обычно системные службы. По умолчанию команды выполняются как корень, если setuid не используется.

~/.config/upstart для задания сессии - они выполняются для пользователя, вошел в GUI.

, Что делает Ваше Новомодное задание?

• это работает, некоторая функция для некоторых вошла в систему пользователь, характерный для них? Используйте ~/.config/upstart.
• разве этому не нужен зарегистрированный пользователь, делают его работу или должен работать, когда система запускается? Используйте /etc/init.