На этот вопрос уже есть ответ здесь:
У меня есть файл .pem. Обычная команда chmod [4/6]00 [имя_ключа_здесь].pem не работает. Разрешения упрямо застряли на 444 или 644.
возможно, необходимо попытаться изменить владение сначала и затем попытаться управлять chmod
Как насчет sudo chown [yourusername] file.pem
и затем chmod