Это говорит, что файл повреждается и не может считать такие символы в своем текстовом редакторе и отмечает их, тогда как Windows просто отображает их отлично в его блокноте.
Использование Ubuntu UTF-8 как кодировка символов по умолчанию, Windows, кажется, использует некоторое другое кодирование.
или необходимо сказать GEdit, какую кодировку символов использовать для того файла или преобразовать файл в UTF-8 (насколько я знаю Блокнот, позволяет Вам сохранить файл с помощью кодировки UTF-8)