Я вижу этот большой список главным образом коммерческих программ там, и я задаюсь вопросом, куда они произошли из, если я рискую ставить под угрозу свою систему путем установки какого-либо из них.
Нет Вы не. Они все выполняются в различном wineprefix (Минимальная система Windows) и если что-нибудь пойдет не так, как надо, то только wineprefix будет изменен. Можно просто удалить и переустановить wineprefix.