Они либо не сохранены, либо удалены. Проверьте, нет ли / var / www на tmpfs (это похоже на RAM-диск, файлы не сохраняются на диске, а сохраняются в памяти и поэтому исчезают при перезагрузке):
df -hT /var/www
и посмотреть, что в разделе «Тип». Например, я сохраняю свои журналы на tmpfs:
$ df -hT /var/log
Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on
tmpfs tmpfs 3.9G 672K 3.9G 1% /var/log