Загрузите zip-файл вручную и извлеките его, например, на веб-сайте PyDev. Затем перейдите в каталог, где вы установили Eclipse (по умолчанию - /home/username/eclipse) и скопируйте exctracted содержимое в папку eclipse/dropins и перезапустите Eclipse. Работал для меня на Kubuntu 18.04 и Eclipse 4.7