Я предлагаю вам попробовать эти две программы и выбрать тот, который лучше соответствует вашим потребностям.
Xournal
sudo apt-get install xournal
Все аннотации сделаны вручную (так сказать). Вы можете распечатать их в формате PDF, если хотите, или вы можете установить их отдельно.
Xournal
Загрузить с Вот. Очень полезно отслеживать ваши исследовательские заметки.