Если я буду использовать инструмент на жестком диске, где окна установлены, он повредит окна OS, или он создаст новый раздел?
Вино является приложением Linux, полностью независимым от Windows. Это не будет влиять на Windows вообще.
Если, с другой стороны, Вы говорите о WUBI, это - Windows-программа, которая устанавливает Ubuntu как любая другая Windows-программа, и это может быть установлено и удалено как другие Windows-программы.