Это мое решение.
nano ~/.kde4/Autostart/setupscreens.sh
заполнить следующим кодом
#!/bin/bash
foo=$(sed '3q;d' $HOME/.kde4/share/config/krandrrc)
${foo:16}
save (ctrl-o) и выйти (ctrl-x)
теперь делают его исполняемым
chmod +x ~/.kde4/Autostart/setupscreens.sh
Что он делает, это запустить команду xrandr, сгенерированную графическим интерфейсом системных настроек при настройке экрана. Я понятия не имею, почему для многих это неправильно выполняется при входе в систему, но для меня это было простое исправление, которое работает, если я изменю свою настройку в будущем, используя системные настройки.