На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я использовал Paint.net, пока не перешел на Ubuntu 17.04.
Я видел Криту и Пинту, но они не подходят мне.
Мне нужно будет уметь работать с пиксельной графикой, а также выполнять обычные функции.
Я бы хотел, чтобы окна были отдельными, в отличие от любой другой программы.
Мне нужна программа лучше Paint.net и более гибкая
Калека соответствует Вашим требованиям, можно получить его в хранилище программного обеспечения. Это позволит отдельные окна, а также пиксельное искусство