ubuntu 14.04 не выходит из замка, иногда

Отредактируйте строку, которая говорит

25 6    * * *   root    test -x /usr/sbin/anacron || ( cd / && run-parts --report /etc/cron.daily )

в /etc/crontab, чтобы 25 6 читал 0 0. Это сделает так, чтобы все скрипты в /etc/cron.daily выполнялись в полночь.

Если вы хотите только запустить logrotate в полночь, переместите /etc/cron.daily/logrotate в другой каталог и добавьте строку [!d2 ]

0 0    * * *   root    /new/path/to/logrotate/script

в конце /etc/crontab.