Там должен так или иначе использовать настроенные значки для центра уведомления? Некоторые программы как Skype имеют совсем другие значки.
Возможно, использование другого уведомления центрируется, менеджер может быть решением, но я не нашел никого.
Я использую Kubuntu 15.10 с плазменной версией 5.4.2