Ответ на вопрос: да. В официальном документе по резервному копированию/восстановлению это называется "холодным резервным копированием" и имеет следующую формулировку:

Резервное копирование с помощью cp или rsync

Если ваша система хранения не поддерживает снимки, вы можете скопировать файлы непосредственно с помощью cp, rsync или с помощью аналогичной утилиты. Поскольку копирование нескольких файлов не является атомарной операцией, вы должны остановить все записи в дворняжке перед копированием файлов. В противном случае вы скопируете файлы в недействительном состоянии.

Резервные копии, созданные путем копирования исходных данных, не поддерживают временное восстановление для наборов реплик, и ими сложно управлять для более крупных кластеров с осколками. Кроме того, эти резервные копии больше по размеру, поскольку они включают в себя индексы и дубликаты базовой подложки хранилища, а также фрагментацию. mongodump, напротив, создает резервные копии меньшего размера.

• нужно остановить mongo

и сделать резервную копию с помощью ...

• rsync -vahP /var/lib/mongodb/ /media/backup/

  для резервного копирования в локальный каталог или

• rsync -vahP /var/lib/mongodb/ {user}@{url}:/{dir}/

  для резервного копирования на удаленную систему

Restoring: stop mongo and switch the 2 location.