Оказывается, пакет для автоматической установки обновлений имеет для этого параметр:
/etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades
EDIT: на самом деле есть несколько способов сделать это, и это описано в руководстве по серверу: https://help.ubuntu.com/10.10/serverguide/C/automatic-updates.html