Вы можете использовать cp -a /boot /boot-tmp для копирования содержимого во временный каталог корневой файловой системы, размонтировать загрузочный раздел с помощью umount /boot и вернуть файлы на место с помощью rmdir /boot && mv /boot-tmp /boot.
Как только вы убедитесь, что все в порядке, вы можете удалить /boot с /etc/fstab. Наконец, вы должны дважды проверить конфигурацию GRUB и запустить update-grub.