У вас есть опции:
Первое и самое лучшее - разделить раздел между Ubuntu и Windows. В этих разделах вы можете создать проект из одной системы, а затем изменить этот проект из другой ОС. ПРИМЕЧАНИЕ. Эти разделы должны иметь совместимую файловую систему (рекомендуется: NTFS). Также вы можете работать с проектом, сохраненным на вашем разделе Windows (как и сейчас). Но это не рекомендуется, потому что вы найдете проблемы несовместимости.IMO, вы должны перейти к первому варианту