Прочитайте этот ответ: Как связать типы файлов с Wine в Nautilus.
Вы должны создать / отредактировать файл .desktop, расположенный в ~/.local/share/applications/ или /usr/share/applications/
Найдите параметр Exec= и в конце строки добавьте %U - он будет заменен на имя файла, который нужно открыть.
Также см. Как связать типы файлов с Wine в Nautilus .