В дополнение к причинам, которые вы намеренно захотите использовать в разных буферах обмена (лично я этого не делаю), они могут обойти проблему, когда некоторые приложения не могут сохранить свой контент в буфере обмена, когда вы их покидаете. [!d0 ]
Это наиболее заметно (очень раздражает) в Firefox на GNOME (см. проблема для медленного хода чередующихся зубов).